Vous rejoindrez l’unité IAME – Infection, Antimicrobials, Modelling, Evolution, un environnement unique combinant bioinformatique, microbiologie, clinique et modélisation, en lien étroit avec l’Institut Pasteur et plusieurs hôpitaux AP-HP.

Ce poste s’inscrit dans un projet de recherche visant à quantifier les déterminants moléculaires qui régissent les interactions phage–bactérie dans un contexte infectieux.
Le projet explorera notamment :
• les récepteurs bactériens aux bactériophages,
• les protéines phagiques de liaison aux récepteurs (RBP),
• les systèmes de défense bactériens,
• les systèmes d’anti-défense phagiques,
• l’influence de la régulation de l’expression génique sur les dynamiques d’interaction.

L’objectif final est de développer des modèles prédictifs permettant d’estimer l’efficacité d’un phage lytique donné contre une souche bactérienne, à partir des seules données génomiques. Ce travail contribue directement au développement d’une approche de phagothérapie personnalisée.

Missions principales

1. Développement de pipelines bio-informatiques
• Développer, optimiser et maintenir des workflows analytiques pour l’étude génomique de phages et de bactéries.
• Annotation, identification des récepteurs et des systèmes de défense, typage et analyse comparative.

2. Analyse de données et modélisation
• Réaliser des analyses statistiques inférentielles sur des jeux de données complexes.
• Développer des modèles d’apprentissage automatique (random forest, régression, XGBoost).
• Assurer la reproductibilité, la documentation et la traçabilité des analyses.

3. Intégration et gestion des données
• Structurer, documenter et contrôler la qualité des jeux de données.
• Participer aux rapports scientifiques et à la valorisation des résultats.

4. Interaction avec l’équipe expérimentale
• Intégration des données issues de plaques assays et courbes de croissance.
• Participation à la conception des méthodes expérimentales.