·       Service de Médecine Intensive-Réanimation, Hôpital Louis Mourier (AP-HP, Colombes)

·       Unité de recherche IAME (UMR 1137) – Équipe EvREST, Faculté de Médecine Bichat (Université Paris Cité / INSERM, Paris)

 ● Missions principales: 

1.  Développement de pipelines bio-informatiques

·       Développer, optimiser et maintenir des workflows analytiques pour l’étude génomique de

phages et de bactéries.

·       Annotation, identification des récepteurs et des systèmes de défense, typage et analyse comparative.

2.  Analyse de données et modélisation
·       Réaliser des analyses statistiques inférentielles sur des jeux de données complexes.

·       Développer des modèles d’apprentissage automatique (random forest, régression, XGBoost).

·       Assurer la reproductibilité, la documentation et la traçabilité des analyses.

3.  Intégration et gestion des données
·       Structurer, documenter et contrôler la qualité des jeux de données.

·       Participer aux rapports scientifiques et à la valorisation des résultats.

4.  Interaction avec l’équipe expérimentale
·       Intégration des données issues de plaques assays et courbes de croissance.

·       Participation à la conception des méthodes expérimentales.

Contexte scientifique

Ce poste s’inscrit dans un projet de recherche visant à quantifier les déterminants moléculaires qui régissent les interactions phage–bactérie dans un contexte infectieux.

Le projet explorera notamment :

·       les récepteurs bactériens aux bactériophages,

·       les protéines phagiques de liaison aux récepteurs (RBP),

·       les systèmes de défense bactériens,

·       les systèmes d’anti-défense phagiques,

·       l’influence de la régulation de l’expression génique sur les dynamiques d’interaction.

L’objectif final est de développer des modèles prédictifs permettant d’estimer l’efficacité d’un phage lytique donné contre une souche bactérienne, à partir des seules données génomiques. Ce travail contribue directement au développement d’une approche de phagothérapie personnalisée.